El proyecto Cobre Panamá, desde su Estudio de Impacto Ambiental en 2011, se comprometió a cumplir con la Norma de Desempeño N° 6 del IFC, reconocida como el estándar más alto en protección de la biodiversidad. Esta norma, adoptada voluntariamente por Minera Panamá, exige que cualquier proyecto en hábitats críticos, como el Corredor Biológico Mesoamericano, genere un impacto neto positivo en la biodiversidad, superando la mera mitigación para contribuir activamente a la mejora de las especies y sus entornos.

Para lograr este objetivo, se desarrolló un Plan de Acción para la Biodiversidad, con monitoreo anual para alcanzar metas centradas en el desarrollo de comunidades sostenibles y la protección de la biodiversidad en el Corredor Biológico Mesoamericano. Durante más de 10 años, el proyecto no solo declaró sus intenciones, sino que las llevó a cabo en colaboración con organizaciones internacionales de conservación como Sea Turtle Conservancy, Fondo Peregrino, Missouri Botanical Garden e Instituto Smithsonian de Investigaciones Tropicales, entre otras.

Se establecieron alianzas con entidades locales, algunas de las cuales hoy reniegan de los resultados de estas colaboraciones por presiones sociales, a pesar de haber buscado en su momento el respaldo de Cobre Panamá para sus propios objetivos de investigación y conservación.

No obstante, los resultados hablan por sí mismos. Por ejemplo, en el año 2011 Minera Panamá en alianza con el Fondo Peregrino, reconocida organización internacional que se dedica al estudio y conservación de aves rapaces, evaluó el impacto del proyecto sobre un nido activo de águila arpía, como resultado del monitoreo y protección del nido por parte de la mina,  se confirmó que al menos hasta  finales del año 2023, la pareja reproductora había seguido ocupando el mismo árbol cada año y produciendo polluelos, incrementando con esto la cantidad de águilas arpías en Donoso, generando un impacto positivo en sus poblaciones que se ven afectadas por la cacería de estas aves y la pérdida del hábitat donde anida y se alimenta.

Fruto del éxito en la conservación del ave nacional, el Fondo Peregrino, con el apoyo financiero de Cobre Panamá, amplió sus esfuerzos hacia el estudio del águila arpía en Darién y llevó a cabo proyectos de educación ambiental en colegios y comunidades, con un total de 36 campañas de comunicación y divulgación para 2022.

El impacto positivo de la mina se extendió a las costas en colaboración con Sea Turtle Conservancy, organización con base en Florida, Estados Unidos. El acuerdo se estableció para monitorear y conservar las tortugas marinas alrededor del área del puerto, y para compensar la posible pérdida de playas de anidación en el área del proyecto mediante la conservación de playas de anidación altamente productivas ubicadas en Bocas del Toro y la comarca Ngäbe Bugle.

El programa incluyó medidas para mejorar la seguridad de los nidos a través del monitoreo comunitario, la protección de nidos contra la depredación y programas de educación con comunidades locales que tradicionalmente han capturado las tortugas y sus huevos para consumo y comercialización ilegal. Gracias al esfuerzo de Sea Turtle Conservancy con el apoyo de Minera Panamá, para el año 2020, en plena pandemia, se redujeron las amenazas y se logró la  liberación de más de 6000 crías de las tortugas canal y casi 250,000 crías de tortuga carey.

Sin embargo, a pesar de estos avances, siguen existiendo numerosas amenazas para las tortugas marinas de la región, incluida la depredación de nidos por perros domésticos, la creciente presión sobre los hábitats costeros y marinos a través del desarrollo turístico no regulado y la continua caza de tortugas para el consumo y la venta de carne y otros productos.  En este caso, el desarrollo del puerto de Punta Rincón ha servido para direccionar los esfuerzos de conservación hacia las tortugas marinas.

En septiembre de 2019, Minera y el Instituto Smithsonian de Investigaciones Tropicales firmaron un acuerdo con el fin de extender el proyecto de conservación ex situ de ranas del área de Donoso. Mientras estuvo vigente este acuerdo, se realizaron esfuerzos de manejo y preservación de anfibios amenazados de Donoso en las instalaciones del Proyecto de Rescate y Conservación de Anfibios de Panamá (PARC), dentro de instalaciones del STRI, ubicadas en Gamboa.

Entre los logros de esta colaboración estuvieron el estudio de hongos patógenos de anfibios en la región de Donoso, ensayos de liberación de anfibios en el área de Donoso, y no menos importante, se logró la reproducción en cautiverio de miles de ranitas de especies amenazadas como la rana arlequín, pariente cercana de la extinta rana dorada de El Valle de Antón.

Estos fueron algunos de los logros que demuestran el compromiso de Minera Panamá en la protección y mejora de la biodiversidad en Donoso durante la última década, mismos que pasaron desapercibidos para la mayoría de la población y que con la salida del proyecto hoy se vuelven a ver amenazados por falta de protección las águilas arpías de Donoso, las tortugas del Caribe y los anfibios de las selvas que rodeaban la mina.